外付けモニターが接続されたラップトップでUbuntu14.04LTSを使用しています。私の設定では、ノートパソコンの画面が左側にあり、外部モニターが右側にあります。
これで、2画面の左半分（外部モニター）を右クリックすると、メニューが1画面の右端（ラップトップ画面）に表示されます。
2画面の右半分を右クリックすると、メニューが正しく表示されます。スクリーンショット4を参照してください。
Google Chrome（バージョン46.0.2490.71）を使用しています。右クリックはFirefoxやその他のアプリケーションで正常に機能します。
スクリーンショット1：
スクリーンショット2：リンク
スクリーンショット3：リンク
スクリーンショット4：リンク
承認された回答：
Chrome / Chromiumのバグのようですが、Chromeバージョン47.0.2500で修正されたと言われています。