ダブルクリックでファイル（.pdbファイル：タンパク質構造形式、気にしないでください）を開きたい。
「openwith」は、Ubuntu Tweakで「pymol」（.pdb形式を開くプログラム）を実行するように手動で指示されます。
しかし、作業ディレクトリが見つかりました $HOMEです。
ファイルを開いたディレクトリの他のファイルとして それらにアクセスしたいのは非常に重要です。
「pymol」は$HOMEで実行され、「pdbファイル」（ダブルクリックされたファイル）の絶対パスが引数として渡されていると思います。
これはやや一般的な問題だと思います。質問してください：
システムに「作業ディレクトリ」を変更させるにはどうすればよいですか。 「ファイルをクリックしたディレクトリ」に移動します プログラムを実行しますか？
承認された回答：
これは数年後ですが、これが私のために働いたものです：
Exec=bash -c 'cd "%k" && ~/path/to/your/file'
％k 起動したばかりのランチャーのディレクトリのパスを示します。