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tar.bz2 を tar.gz に変換するにはどうすればよいですか? 

bunzip2 -c < file.tar.bz2 | gzip -c > file.tar.gz

解凍してから圧縮する必要があります。

次のように変換できます:

 bunzip2 -c -d file.tar.bz2 | gzip -v9 > file.tar.gz

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