Rで何が利用できるかはわかりませんが（REnvについて聞いたことがあります）、Pythonについては、すべてのユーザーが pyenv を使用して独自のPython環境を担当するという実用的なアプローチを決定しました (perlbrew の Perl の場合も同様です) RVM の Ruby ）。そうすれば、ユーザーは私の支援なしで、すべてのプロジェクトに最適な環境を作成できます (pyenv Python のインストールを管理し、pip を使用できます その特定の Python インストールにローカルにモジュールをインストールします)。
システム パッケージは、システムのニーズにのみ使用されます。