exFAT と NTFS はどちらも Microsoft 独自のファイルシステムです。 FAT64 とも呼ばれる exFAT は、非常に単純なファイルシステムであり、事実上 FAT32 の拡張です。その単純さから、Linux に適切に実装されており、非常に高速です。
ただし、構造が単純なため、断片化の影響を受けやすく、使用するとパフォーマンスが低下しやすくなります。
exFAT はジャーナリングをサポートしていないため、正常にシャットダウンされない場合は完全なチェックが必要です。
NTFS は、特に Linux では exFAT よりも低速ですが、断片化に対する耐性が高くなります。その独占的な性質のため、Linux では Windows ほどうまく実装されていませんが、私の経験からすると、非常にうまく機能します。破損した場合、NTFS は Windows で簡単に修復できます (Linux でも ntfsfix があります) ）、失われたファイルを回復できるツールはたくさんあります。
個人的には、信頼性の点で NTFS を好みます。もう 1 つのオプションは、ext4 を使用し、Windows で extfsd を使用してマウントすることです。Linux では ext4 の方が適していますが、Windows ではドライバーが適切に実装されていません。 extfsd はジャーナリングを完全にはサポートしていないため、Windows での書き込みにはリスクがありますが、exFAT よりも ext の方が Linux での修復が容易です。
UDF を試してみることをお勧めします。 UDF はオープンでベンダーに依存しないファイル システムであり、当初は光ディスクで使用するために設計されましたが、USB ドライブを含む他のドライブでも R/W で使用できます。 UDF は最大 2 TB のファイル システム サイズ (ブロック サイズは 512 バイト) をサポートし、長い Unicode ファイル名をサポートし、ファイル時間の記録を保持します。
Windows ではディスクをパーティション分割する必要があるようで、ファイル システムはメディア タイプ hd で作成する必要があります。 ブロックサイズは 512:
mkudffs --media-type=hd --blocksize=512 /dev/sdxN