私は答えを見つけると思います。私のシステムでは、「xdg-mime query filetype ...」は「file」コマンドを使用してファイル タイプを取得しますが、ubuntu では「gnomevfs」を使用します。
「file」コマンドは shared-mime-info の xml エントリをチェックしないようですが、ファイル「/user/share/file/magic」を調べてファイルの MIME タイプを取得します。
Ubuntu で「file」コマンドを使用すると、正しい MIME タイプもわかりません。
このマジックファイルの編集方法を勉強します。