sed で数字を 2 桁にゼロ埋めする

別の解決策:awk '{$2 = sprintf("%02d", $2); print}'

$ sed 's/\<[0-9]\>/0&/' ./infile
201103 01 /mnt/hdd/PUB/SOMETHING
201102 07 /mnt/hdd/PUB/SOMETH ING
201103 11 /mnt/hdd/PUB/SO METHING
201104 03 /mnt/hdd/PUB/SOMET HING
201106 01 /mnt/hdd/PUB/SOMETHI NG

bash を使用する (非 sed) 方法は次のとおりです。 拡張正規表現を使用 ..
このメソッドにより、スコープは個々の行のより複雑な処理を行うことができます。 (つまり、単なる正規表現置換以上のもの)

while IFS= read -r line ; do
    if [[ "$line" =~ ^(.+\ )([0-9]\ .+)$ ]]  
    then echo "${BASH_REMATCH[1]}0${BASH_REMATCH[2]}" 
    else echo "$line"
    fi
done <<EOF
201103 1 /mnt/hdd/PUB/SOMETHING
201102 7 /mnt/hdd/PUB/SOMETH ING
201103 11 /mnt/hdd/PUB/SO METHING
201104 3 /mnt/hdd/PUB/SOMET HING
201106 1 /mnt/hdd/PUB/SOMETHI NG
EOF

出力:

201103 01 /mnt/hdd/PUB/SOMETHING
201102 07 /mnt/hdd/PUB/SOMETH ING
201103 11 /mnt/hdd/PUB/SO METHING
201104 03 /mnt/hdd/PUB/SOMET HING
201106 01 /mnt/hdd/PUB/SOMETHI NG