はい、安全です。 /etc の下に隠しディレクトリを置いても、本質的に安全ではないということはありません。 rkhunter がフラグを立てる唯一の理由は、正当なプログラムがそれを行うことはまれであり、マルウェアがそれを行うと、他の方法では気付かない可能性が低くなるからです.
いいえ、システムが不安定になることも、セキュリティの観点から脆弱になることもないという意味で安全です。
とはいえ、MechMK1 が指摘しているように、隠しディレクトリを使用する唯一の理由は、ユーザー ディレクトリが気にしない綿毛でいっぱいにならないようにするためです。 /etc 一方、ディレクトリは意味です そのような毛羽立ちを封じ込めるために、なぜそれを隠したいのかわかりません.
このため、期待ではありません アクションと rkhunter は、マルウェアだけが行う疑わしいものとしてフラグを立てます。しかし、あなたが望むなら、あなたもそれを完全に行うことができます.