qpdf の場合:
$ qpdf --decrypt restricted-input.pdf unrestricted-output.pdf
おそらくpdftkを使用できます。のようなもの
pdftk in.pdf output out.pdf allow AllFeatures
ghostscript を持っている場合 簡単にインストールしてみてください:
gs -sPDFPassword=$PASS -q -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -sOutputFile=%stdout% -c .setpdfwrite -f locked.pdf > unlocked.pdf