イライラしていたので、VirtualBoxでOS XとUbuntuの間でコピーアンドペーストを機能させるためのガイドを書きました。この質問に出くわした人の助けになるかもしれません:
http://blog.nostopbutton.com/2013/08/24/setup-copy-and-paste-between-os-x-and-linux-virtualbox/
私はちょうど同じ問題を抱えていました。クリップボード共有がオンになっていることを確認したら、Ctrl+Shift+V を使用して debian のターミナルに貼り付けます。
場合によっては、Mac でターミナルを開き、VirtualBox ゲストに SSH で接続する方が簡単な場合があります。これにより、フォーカスを変更するなどの面倒な作業を大幅に回避できます。