featureCounts は、非常に効率的で正確な読み取り要約プログラムです。
コマンドの一般的な構文は次のとおりです:
featureCounts [options] -a [annotation_file] -o [output_file] input_file1 [input_file2]
以下のエラーが発生した場合:
featureCounts: command not found
選択したオペレーティング システムに応じて、subread パッケージのインストールが必要になる場合があります。
| 分布 | コマンド |
|---|---|
| Debian | apt-get インストール サブリード |
| Ubuntu | apt-get インストール サブリード |
| カリ Linux | apt-get インストール サブリード |
| Raspbian | apt-get インストール サブリード |
Subread パッケージは、次のような次世代シーケンス読み取りデータを処理するための一連のソフトウェア プログラムで構成されています。
- サブリード :ゲノム DNA-seq と RNA-seq リードの両方をアラインできる汎用リードアライナー。また、短いインデルや構造バリアントを含むゲノム変異の発見にも使用できます。
- サブジャンク :RNA-seq リードのアラインメントおよびエクソン-エクソン ジャンクションの検出用に開発されたリード アライナー。遺伝子融合イベントも検出できます。
- featureCounts :遺伝子、エクソン、プロモーター、ゲノム ビンなどのゲノム機能の読み取りをカウントするために開発されたソフトウェア プログラム。
- サブロング :シードと投票に基づいて設計されたロングリード アライナー。
- 正確な SNP :ローカル バックグラウンド ノイズに対してシグナルをテストすることで SNP を発見する SNP コーラー。