Bio-Linuxは、2006年7月にNature Biotechnologyの論文で紹介され、詳細に説明されました。配布は、英国の自然環境研究会議によるグループの取り組みでした。作成者と著者が指摘しているように、ハイスループットの「-omic」（ゲノム、プロテオミクス、メタボロミクス）科学の分析要求により、結果として生じる実験データの山を分析するための統合コンピューティングソリューションの開発が必要になりました。
この必要性から、Bio-Linuxが誕生しました。作成者によると、このディストリビューションは「ラップトップから大規模サーバーまで、あらゆるものにインストールできる無料のバイオインフォマティクスワークステーションプラットフォーム」として機能します。現在のディストリビューションバージョンであるBio-Linux8は、Ubuntu14.04LTSベースで構築されています。したがって、Bio-Linuxの一般的なルックアンドフィールはUbuntuのものと似ています。
研究免疫学者としての私自身の仕事では、Bio-Linuxの設計と開発における統合ソフトウェアアプローチの必要性と成功の両方を証明することができます。 Bio-Linuxは、現代科学のデータパイプライン要件に対する真のターンキーソリューションとして機能します。ウェブサイトに記載されているように、Bio-Linuxには250を超えるプリインストールされたソフトウェアパッケージが含まれており、その多くはバイオインフォマティクスデータ分析の要件に固有のものです。
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このアプローチの威力は、別のオペレーティングシステムでソフトウェアのインストールプロセスを複製しようとするとすぐに明らかになります。すべてのソフトウェアコンポーネントを統合し、必要なすべての依存関係をインストールすることは非常に時間がかかり、場合によってはLinuxオペレーティングシステムの外部でさえ不可能です。 Bio-Linuxディストリビューションは、膨大な数のバイオインフォマティクス分析タスクを開始するのに十分なソフトウェアがプリインストールされた、ポータブルで安定した統合環境を提供します。
今ではおそらく、「私は売られています。どうすればこの素晴らしいディストロを手に入れることができますか？」と言っているでしょう。
よろしくお願いします。まず、Bio-LinuxのWebサイトに優れたドキュメントがあることから始めます。このドキュメントでは、インストール手順と、ディストリビューションの使用に関する非常に完全な概要の両方について説明します。
ディストリビューションは、ローカルにインストールして実行するか、CD / DVDまたはUSBから実行するか、サーバーにインストールするか、仮想マシン環境から実行することができます。ローカルインストールのインストールプロセスを開始するには、Bio-LinuxディストリビューションのディスクイメージまたはISOをダウンロードします。ディスクイメージは3.3GBのファイルであり、インターネットのダウンロード速度によっては、コーヒーを飲んだり、ちょっとしたお昼寝をしたりするのに良い時期かもしれません。
ISOがダウンロードされると、Bio-Linux開発者は、起動可能なUSBの作成に使用される無料で入手可能なクロスプラットフォームソフトウェアパッケージであるUNetBootinの使用を推奨します。 Bio-Linux Webサイトに、UNetBootin用に提供されているリンクがあります。 MacとLinuxの両方のオペレーティングシステムでのUNetBootinの有効性を証明できます。
Unixファミリーのオペレーティングシステム（Mac OSおよびLinux）では、dd を使用してコマンドラインから起動可能なUSBを作成することもできます。 コマンド：
[sudoumount「USBロケーション」
sudo dd bs =4M if =” ISO location” of =” USB location” conv =fdatasync]
使用する方法に関係なく、これはコーヒーブレイクのもう1つの良い時期かもしれません。
インストールのこの時点で、UNetBootinはsquashfsでフリーズしているように見えました 起動可能なUSB作成中のファイル転送。ただし、Ubuntuディスクアプリケーションを簡単にチェックすると、ファイルがまだUSBに書き込まれていることが確認されました。つまり、辛抱強く、起動可能なUSBを作成するにはかなりの時間がかかります。
コーヒーを飲み、完成したUSBを手にしたら、Bio-Linuxを使用する準備が整います。 Bio-LinuxのWebサイトで指摘されているように、Macコンピューター（特に新しいハードウェアバージョン）で起動可能なUSBを使用しようとすると、USBから起動できない場合があります。回避策はありますが、デュアルブート用にシステムを構成する必要があります。同様に、Windowsベースのマシンでは、BIOS内から、ブート順序を変更し、場合によってはマシンのセキュアブート設定を変更する必要がある場合があります。
この時点から、ディストリビューションをどのように使用するかはあなた次第です。 USBからディストリビューションを実行してテストできます。ディストリビューションをコンピューターにインストールできます。 Bio-Linux Webサイトの指示に従って、ディストリビューションのVMインスタンスを作成したり、サーバーで実行したりすることもできます。使用方法に関係なく、強力なバイオインフォマティクスデータ分析ワークステーションを自由に使用できます。
このようなワークステーションが専門的に必要な場合もありますが、専門の研究者としてBio-Linuxを使用したことがない場合でも、あらゆるレベルの生物学教育の専門家が学生に最新のバイオインフォマティクスの原則を紹介するための優れたリソースを提供できます。ラップトップとUSBの価格で、すべての学校は「-omics」時代の教室での授業を補完するためのインシリコ教育リソースを持つことができます。唯一の制限は、創造性とハードウェアのパフォーマンスです。
Linuxの詳細
強力なコミュニティサポートを備えたオープンソースオペレーティングシステムとして、Linuxカーネルは他の成功したオープンソースソフトウェアの取り組みに共通する多くの強みを共有しています。 Linuxは安定していて、カスタマイズしやすい傾向があります。また、ハードウェアにまったく依存せず、さまざまなハードウェア構成で他のオペレーティングシステムと一緒に実行できます。実際、Linuxのインストールは、他の最新のオペレーティングシステムを実行できない古いハードウェアから使いやすさを取り戻すための一般的な方法です。 Linuxは移植性も高く、オペレーティングシステムを永続的にインストールしなくても、USBドライブなどの起動可能な外部ストレージデバイスから実行できます。
私を最初にLinuxに惹きつけたのは、安定性、カスタマイズ性、および移植性のこの組み合わせです。 Linuxオペレーティングシステムの各バリアントは、ディストリビューションと呼ばれます。 （または distro ）、そして考えられるすべてのコンピューティングシナリオまたは要望に対応するLinuxディストリビューションがあるようです。これらのオプションは実際にはかなり威圧的である可能性があり、Linuxを試すことを人々に思いとどまらせる可能性があると思います。
「おそらくいくつの異なるディストリビューションが存在する可能性がありますか？」あなたは不思議に思うかもしれません。数分、または数時間の場合は、DistroWatch.comをご覧ください。その名前が示すように、このサイトはLinuxディストリビューションに関連するすべてのもののカタログ化に専念しています。視覚的な学習者のために、それを実際に見通しに入れる素晴らしいLinux家系図があります。
書籍全体がLinuxディストリビューションのトピックに専念していますが、違いは多くの場合、基本インストールに含まれるソフトウェア、ソフトウェアの管理方法、およびディストリビューションの「ルックアンドフィール」に影響を与えるグラフィックの違いによって異なります。確かに、ハードウェアの互換性、速度、安定性にも微妙な点があります。