行が 60 文字を超える場合に改行を挿入する方法

試してみてください:

$ awk '{print $1; for (i=1;i<=length($2);i=i+60) print substr($2,i,60)}' file
>Directory1/file3
CTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTTTCCCCCCCCSCBCC
CCCCCCSCTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTTTCCCCCC
CCSCBCCCCCCCCSCTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTT
TCCCCCCCCSCBCCCCCCCCS
>Directory1/file4
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

仕組み:

<オール>

print $1

これにより、行の最初のフィールドが出力されます。

for (i=1;i<=length($2);i=i+60) print substr($2,i,60)

行の 2 番目のフィールドでは、フィールドの最後に到達するまで一度に 60 文字を出力します。

GNU coreutils fold を使用できます :

fold -w60 file