あなたがベストプラクティスを求めたので：最善の方法は、リポジトリにないソフトウェアをインストールしないことです。それが不可能な場合のベスト プラクティスは、そこからパッケージを作成し、システム パッケージ マネージャーを使用してそれらを管理することです。
重要な更新を確認する方法を考え出す必要がありますが、その方法はあなた次第です。ただし、それらが存在する場合は、再度ビルドして新しいパッケージから更新する必要があります。
checkinstall を試しましたか (Debian リポジトリにあります)?
make install を使用する代わりに checkinstall を使用できます そして、パッケージ マネージャーを使用して追跡できるように、ソフトウェアを含むパッケージを作成 (およびインストール) します。