Linux を起動するときに、Windows をシャットダウンせずにスリープ/休止状態のままにしている可能性があります。 (Windows10 は、適切にシャットダウンされないことで有名です。) Windows は、ファイル システムの一部 (つまり、ページ ファイル) をメモリにキャッシュしたままにしている可能性があり、他のオペレーティング システムがディスクを変更したことを予期していません。
本当の方法を考えてみてください Windows をシャットダウンします。
最近の Windows バージョンには、同じディスクとは別の場所にディスク データをキャッシュすることを含む起動時の最適化が含まれています。これにより、ディスクが別の OS によってアクセスされたときに見つかった動作が発生します。
グループ ポリシー Turn Off Boot And Resume Optimizations を使用できます (Computer Configuration\Administrative Templates\System\Disk NV Cache にあります) これにより、Windows はそのパーティションにあるファイルのみを保存するようになります。他にもいくつかの不揮発性キャッシュ設定が利用可能ですが、それで問題が解決するはずです。