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Linux
-F 構成ファイル
代替のユーザーごとの構成ファイルを指定します。コマンド ラインで構成ファイルを指定すると、システム全体の構成ファイル (/etc/ssh/ssh_config ) は無視されます。ユーザーごとの構成ファイルのデフォルトは ~/.ssh/config です .
ソース:https://linux.die.net/man/1/ssh
OpenSSH 7.3p1 以降、ssh_config に他の構成ファイルを含めることができます。
したがって、/etc/ssh/ssh_config に以下を追加できます:
Include ~/custom_ssh.conf
ただし、これでデフォルトの ~/.ssh/config のロードが停止するとは思わないでください。