これであなたの望む結果が得られると思います。
Files->Preferences->Search&Preview:
Search -> Search in subfolders: -> Never
この設定では、現在のフォルダーのみが検索されるようです。
または、CLI でこの設定を変更することもできます:
gsettings set org.gnome.nautilus.preferences recursive-search 'never'
ところで、私の debian リリースはストレッチです。
要するに、できません！とにかく、現在 Debian にはありません。dconf キーは削除されました。
過去 2 年間、バグとしてマークされていたため、急いで何かが変わるようには見えません.
最善の選択肢は、gnome2 Nautilus から分岐した nemo に切り替えることです。これはまだ維持されていますが、Nautilus 自体に追加された非常識な新しい「機能」はありません。