bash履歴から重複を削除するにはどうすればよいですか?

実行することで、.bash_history に既にある重複行を削除することができます

nl ~/.bash_history | sort -k 2  -k 1,1nr| uniq -f 1 | sort -n | cut -f 2 > unduped_history

続いて

cp unduped_history ~/.bash_history

~/.bashrc に以下を追加することもお勧めします:

export HISTCONTROL=ignoreboth:erasedups