mencoder を使ってみてください (mplayer のエンコード部分 ) このように:
mencoder -idx problemfile.avi -ovc copy -oac copy -o reindexedfile.avi
(http://www.kahunaburger.com/2010/01/30/fixing-an-avi-index-with-mencoder/経由)
力指数
mencoder -forceidx input.avi -o output.avi -oac copy -ovc copy
すべてコピー
mencoder -ovc copy -oac copy input.file -o output.file
https://stackoverflow.com/questions/894903/how-can-i-validate-a-video-file-from-a-scriptも参照してください