Lou が述べたように、次のように mkvmerge を試してください (コマンド ラインから):
mkvmerge -o output.webm -w file1.webm + file2.webm
WebM コンテナー形式は Matroska の厳密なサブセットであるため、Matroska ツールは WebM ファイルで動作することに注意してください。 mkvmerge (mkvtoolnix に付属) を試して、再エンコードせずにファイルを再多重化してください。結果はあなたの目的にとって満足できるものかもしれませんし、そうでないかもしれませんが、mkvtoolnix は成熟しており、GPLv2 ライセンスを取得しており、試してみる価値があります。 mkvmerge GUI もあります。