Linuxでjar内のファイルをコマンドラインに置き換える方法は?

これはどうですか

jar -uf YOURJAR.jar FILE

jar にフォルダー構造がある場合は、それも保持できます

jar -uf YOURJAR.jar DIR/DIR/FILE

詳細については、こちらを参照してくださいhttp://docs.oracle.com/javase/tutorial/deployment/jar/update.html

zip -u stuff.jar file.txt

stuff.zip の file.txt を更新します。 -u の場合は注意してください file.txt は zip ファイルに既に存在している必要があり、jar 内のものよりも新しい場合にのみ上書きされます。