削除のマーク パッケージを削除しますが、パッケージに関連付けられた構成ファイルは削除しません。と同等です
apt-get remove package_name
完全削除のマーク パッケージを消去します。つまり、パッケージ ファイルとその構成の両方を削除します。と同等です
apt-get --purge remove package_name
Synaptic Package Manager マニュアルから:
<ブロック引用>3.2.パッケージを削除するには
構成ファイルとユーザーが作成したデータ (「/var/www」内の Web サイトなど) は、デフォルトではシステムから削除されません。
Debian のみ :環境設定でデフォルトの動作を変更できます。
Debian のみ :パッケージに関連するすべてのファイルを削除するには、[削除のマーク] ではなく [完全な削除のマーク] を選択します。