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Linux への RLink のインストール

R を個別にインストールしましたが、次のことができます:

InstallR["RHomeLocation" -> "/usr/lib64/R"]

ドキュメントで提供されている例を実行できます。Fedora 17 64 ビットを使用しています。


Ubuntu 12.04でもこの問題が発生しましたが、この解決策は役に立ちませんでした。私はそれを解決したと思います。私の手順のいくつかは不必要 (または不必要に複雑) だったと思いますが、次のようになります:

最初に、Mathematica によってインストールされた R 起動スクリプトとバイナリを実行可能にします。 Mathematica がこれらを実際に実行するかどうかはわかりませんが、テストすることはできました.

 cd ~/.Mathematica/Paclets/Repository/RLinkRuntime-Linux-x86-64-9.0.0.0/SystemFiles/Linux-x86-64/R/bin
 chmod +x R
 cd exec
 chmod +x R
 cd ..
 gedit R

または任意のテキスト エディター。ランチャー スクリプトには、パスにハードコードされた「/Developer/leonids/」への参照が多数ありました。次の行を置き換えました:

04 R_HOME_DIR=/home/{my username}/.Mathematica/Paclets/Repository/RLinkRuntime-Linux-x86-64-9.0.0.0/SystemFiles/Linux-x86-64/R
35 R_SHARE_DIR="${R_HOME_DIR}/share"
37 R_INCLUDE_DIR="${R_HOME_DIR}/include"
39 R_DOC_DIR="${R_HOME_DIR}/doc"

この後、R はまだコマンド ラインからは機能しませんでした。 libg2c.so.0 がないことを訴えました。これは、現在維持されている Ubuntu ディストリビューションでは利用できませんが、RPM を追跡しました:compat-libf2c-34-3.4.6-9.x86_64.rpm.So,

sudo alien compat-libf2c-34-3.4.6-9.x86_64.rpm
sudo dpkg -i compat-libf2c-34-3.4.6-9.x86_64.deb

R は、libg2c.so.0 の欠落について引き続き不満を述べていました。 64 ビットの Fedora と Ubuntu ではライブラリが別の場所に保存されているため、間違った場所にあることが判明しました。

sudo cp /usr/lib64/libg2c.* /usr/lib/

ほら! R はコマンド ラインから動作するようになり、RLink も同様に動作します。

ちなみに、libg2c は現在基本的に廃止されているように見えるので、理想的には、より近代的な FORTRAN ランタイムを優先して依存関係として削除されます。 gfortran.


Linux のフレーバーに、私たちが標準と見なしている特定のライブラリーが欠けているか、内部の R ディストリビューションに同梱されているライブラリーのバージョンと競合するライブラリーのバージョンが含まれている可能性があります。残念ながら、どのライブラリに問題があるかを正確に診断することは容易ではありませんが、これについてフォローアップを試みます。

現在の Linux の状況は次のとおりです。さまざまな Linux ディストリビューションでテストするために最善を尽くしましたが、RLink のデフォルトの R ディストリビューションが動作する方法は、R ディストリビューションを拡張する必要があったため、一部の Linux ディストリビューションではライブラリ バージョンの競合が発生する可能性があります。追加の依存ライブラリを使用します。

CentOS 5 と Ubuntu でテストを行いました。再テストしたところ、仮想ボックス(VMWare)で実行されているUbuntu 10.04 32ビットでRLinkが機能します。また、RLink は Mathematica に付属の JVM を使用するため、Java ではないことはほぼ確実です。私たちが Linux でやろうとしているのは、そのようなさまざまな問題を集めて、できる限り解決しようとすることです。ただし、いくつかの問題は、多少異なるコア ライブラリを持つ多くの異なるフレーバーを持つ Linux に固有のものです。


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