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「x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc」を実行できません:そのようなファイルまたはディレクトリはありません (pysam インストール)

R が conda を使用してインストールされている場合、一部の R パッケージのインストール中に同じエラーを受け取ることもあります (私が行ったように)。

次に、次を実行してパッケージをインストールします:conda install gxx_linux-64 そのコマンドを利用できるようにします。

ソース:https://github.com/RcppCore/Rcpp/issues/770#issuecomment-346716808


Anaconda には、C コンパイラ パスを存在しない実行可能ファイルに設定する新しいリリース (4.3.27) があったようです (非常に厄介なバグです。すぐに修正されると確信しています)。最新の Miniconda を使用した pip インストールで同様の問題がありました。これは、4.3.21 バージョンを使用して修正し、conda update conda のようなことをしていないことを確認しました。 .

リリース日とバージョンについては、https://repo.continuum.io/miniconda/ を参照してください。


これで、conda を安全に更新できるはずです。これは、linux-64 用の次の python パッケージで修正されています:

  • python-3.6.2-h0b30769_14.tar.bz2
  • python-2.7.14-h931c8b0_15.tar.bz2
  • python-2.7.13-hac47a24_15.tar.bz2
  • python-3.5.4-hc053d89_14.tar.bz2

この問題は、Jon Riehl が説明したとおりでした。私たち (Anaconda、以前の Continuum) は、すべてのパッケージを、crosstool-ng を使用して作成した新しい GCC パッケージでビルドします。このパッケージには gcc がありません。接頭辞として gcc が付いています - 表示されていないコマンド x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gcc .これは Python に焼き付けられ、その Python で構築された拡張機能はそのコンパイラを探します。 Python 3.6 に追加された _PYTHON_SYSCONFIGDATA_NAME 変数を使用して問題を修正しました。これを python 2.7 および 3.5 にバックポートしました。デフォルトのコンパイラ (gcc) を使用する python しか表示されなくなり、新しいコンパイラを使用するには、_PYTHON_SYSCONFIGDATA_NAME を適切なファイル名に設定する必要があります。この変数の設定は、コンパイラ パッケージのアクティベート スクリプトに組み込まれるため、気にする必要はありません。ただし、新しいコンパイラ パッケージをリリースするのに 1 日か 2 日かかる場合があります。そのため、新しいコンパイラを使用したい場合や、開始するためのサポートが必要な場合は、conda-build イシュー トラッカーにイシューを投稿してください。

関連するコード変更は次の場所にあります:

  • py27:https://github.com/anacondarecipes/python-feedstock/tree/master-2.7.14
  • py35:https://github.com/anacondarecipes/python-feedstock/tree/master-3.5
  • py36:https://github.com/anacondarecipes/python-feedstock

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