あるディレクトリに存在し、他のディレクトリには存在しないファイルを見つける

これでうまくいくはずです:

diff -rq dir1 dir2

オプションの説明 (diff(1) man ページ経由):

• -r - 見つかったサブディレクトリを再帰的に比較します。
• -q - ファイルが異なるかどうかのみを出力

diff -r dir1 dir2 | grep dir1 | awk '{print $4}' > difference1.txt

説明:

• diff -r dir1 dir2 dir1 のみにあるファイルと dir2 のみにあるファイル、および両方のディレクトリに存在するファイルの変更 (ある場合) を示します。

• diff -r dir1 dir2 | grep dir1 dir1 のみにあるファイルを示します

• awk ファイル名のみを出力します。