Bash:chroot 内からコマンドを実行してユーザーを切り替える

chroot /chroot_dir /bin/bash -x <<'EOF'
su -
./startup.sh
EOF

基本オプション:

cat << EOF | chroot /chroot_dir 
touch aaaaa
touch bbbbb
EOF

別のシェルのオプション (例:bash を使用しているが、chroot 環境では存在しない場合)

cat << EOF | chroot /chroot_dir /bin/sh
touch aaaaa
touch bbbbb
EOF

試してみてください

chroot /chroot_dir /bin/bash -c "su - -c ./startup.sh"