Emacs は、他のマシンに ssh 接続するときに、現在のディレクトリ (デフォルト ディレクトリ) を追跡できません。
default-directory を設定できます /ssh:YOURHOST:/home/dir" のようなトランプ ファイル名に 現在のシェルバッファに手動で。
ほとんどの場合、tramp-bookmarks/shell を介して、リモート マシンでシェル セッションを開始します。 Tramp は default-directory を設定します ただし、リモート ファイルのディレクトリ追跡にはバグがあり、トランクで修正されています (未リリース)。
http://comments.gmane.org/gmane.emacs.bugs/39082
M-x シェルを実行してリモート コンピュータに対して ssh を実行する代わりに、(Tramp を使用して) リモート コンピュータのディレクトリにアクセスし、その Dired バッファで M-x シェルを実行します。