ブーストと自動設定

AC_CHECK_HEADERS は、実際には存在チェックではなく、コンパイル チェックを行います。したがって、ブースト ヘッダーをコンパイルするには、コンパイル テストの C++ サポートを設定する必要があります (デフォルトは C です。ドキュメントはこちら):

AC_LANG_PUSH([C++])
AC_CHECK_HEADERS([boost/foreach.hpp], [],
    [AC_MSG_ERROR(You need the Boost libraries.)])
AC_LANG_POP([C++])

GNU Autoconf Archive には、Boost autoconf マクロのコレクションもあります。おそらく、少なくとも AX_BOOST_BASE が必要です。他の Boost ライブラリ用の他のマクロもあります。