https://superuser.com/questions/347560/is-there-a-tool-to-measure-file-difference-percentage には、これに対する適切な解決策があります。
wdiff -s file1.txt file2.txt
その他のオプションは、man wdiff を参照してください。
このようなものでしょうか?
A1 と A2 の 2 つのファイル
$ sdiff -B -b -s A1 A2 | wc 異なる行数が表示されます。 wc は合計を返します。割るだけです。
-b と -B は空白と空白行を無視し、-s は共通行を抑制することを示します。